明鄭時期參軍陳永華奉命在官田與六甲一帶屯田，但改朝換代後遺跡遭破壞殆盡難以考證，官田鄉官田村慈聖宮管理委員會請來國立成功大學歷史系教授石萬壽考證廟中太子爺本尊來源，證實為陳永華迎奉來台，見證這段明鄭屯田史。
成大教授石萬壽應邀為廟中的太子爺鑑定，他根據明朝時期雕工及神像的造型判定，該尊太子爺確實是明朝產物，同時與六甲鄉龍湖巖內的觀音佛祖屬同一雕工；據歷史考證，龍湖巖為陳永華所創立，兩尊神象都是陳永華在大陸僱工雕刻後迎奉來台。
慈聖宮管理委員會主委陳俊銘表示，慈聖宮太子爺原與龍湖巖觀音同為國姓爺參軍陳永華所奉祀，永曆十八年（西元一六六四年）陳永華隨世藩鄭 經東渡來台定居，觀音與太子爺也同時被迎奉入台，並祀於家中，但因膜拜者日多，乃移祀諮議參軍府西側城隍廟，鄭經西征時，諮議參軍府改為總制府，太子爺與 觀音仍祀於城隍廟。
陳俊銘說，永曆三十三年陳永華建造龍湖巖於龍湖畔，觀音與太子爺移祀龍湖巖，但在官佃庄（今官田村）民的請求，太子爺移祀官佃庄。官佃原 為荷治時期的王田，鄭氏時期為官田，為陳永華轄地，陳永華退居龍湖巖時，乃請太子爺駐輦官佃庄，又官佃民眾以農作維生，為祈求五穀豐收，再奉神農大帝為主 神建慈聖宮。
陳俊銘強調，石萬壽教授甚少為廟宇的神祇做考據，這次替慈聖宮鑑定太子爺的源由，亦為明鄭陳永華屯田史做歷史見證。
